Hoewel de Mission M-CUBE+SE 5.1 set een sterke indruk achterlaat, zijn er ook enkele aandachtspunten die benoemd moeten worden. Ten eerste kan de subwoofer met zijn krachtige output en diepe bas bij zeer kleine of akoestisch problematische ruimtes soms te dominant klinken, waardoor het even zoeken is naar de juiste afstemming en plaatsing om te voorkomen dat de bas te nadrukkelijk aanwezig wordt.
Daarnaast is het frequentiebereik van de satellieten beperkt vanaf 120 Hz, wat betekent dat ze geen echte lage tonen kunnen produceren en volledig afhankelijk zijn van de subwoofer voor het vullen van het laag. Dit is op zich gebruikelijk bij dergelijke systemen, maar kan voor sommige puristen betekenen dat de overgang tussen satelieten en subwoofer te hoorbaar is als de audioapparatuur niet goed aangepast is.
Verder ontbreekt het de satellieten aan echte high-end features zoals geavanceerde tweeters of meerdere drivercomponenten, wat in specifieke situaties de geluidskwaliteit iets minder gedetailleerd kan maken vergeleken met duurdere HiFi-speakers. Het is ook zo dat de set het beste presteert in kleine tot middelgrote ruimten; in zeer grote kamers kan het geluid minder volumineus en krachtig aanvoelen.
Tot slot is de set vooral gericht op eenvoud en gebruiksgemak, wat betekent dat er geen uitgebreide bediening, aanpassingsmogelijkheden of geavanceerde connectiviteit zijn. Voor consumenten die op zoek zijn naar een optioneel modulair systeem met uitgebreide tuning opties kan dit een nadeel zijn.