Hoewel de kersenontpitser veel goede eigenschappen heeft, zijn er ook enkele nadelen die opvallen tijdens intensief gebruik. Het meest relevante nadeel is dat het een handbediend hulpmiddel is: bij het ontpitten van grote hoeveelheden kersen wordt de hand en pols na verloop van tijd vermoeid. Voor wie elk seizoen grote partijen kersen verwerkt (bijvoorbeeld voor inmaken of jam maken) is een grotere, mechanische pitter of een pitter met opvangsysteem praktischer en minder belastend.
Daarnaast ontbreekt een ingebouwde opvangbak voor de pitten. De pitten worden meestal naar achteren of opzij geschoten, wat rommelig kan worden als je geen geschikte opvangplaats hebt. Dit betekent extra opruimwerk of het risico dat pitten op de werkruimte vallen. Ook kan de pitter minder geschikt zijn voor extreem kleine of juist heel grote kersen; vruchten die buiten het optimale formaat vallen, worden niet altijd netjes ontpit en kunnen gedeeltelijk platgedrukt of beschadigd raken.
Tot slot kunnen bij sommige modellen kleine pitfragmenten achterblijven in de vrucht, vooral als de pit niet in één stuk uitkomt. Voor gerechten waarbij volledige pitverwijdering cruciaal is, kan dit een nadeel zijn. RVS kan bovendien glad worden als je handen nat of vettig zijn, wat het houvast minder comfortabel maakt zonder antisliphandgreep. Deze aandachtspunten beperken de toepassing voornamelijk bij intensief of professioneel gebruik.